Den Stuttgarter Taufbüchern und Familienregistern zufolge wurde Jakob Fischer am 1. März 1645 getauft. Er war Sohn des Ehepaars Jakob und Maria Fischer, das infolge religiöser Auseinandersetzungen aus Hornberg im Schwarzwald, wo der Vater Kronenwirt und Bürgermeister gewesen war, nach Stuttgart hatte fliehen müssen.
Jakob Fischer erhielt am 2. Mai 1666 das Stuttgarter Bürgerrecht. Dem Gewerbe des Vaters folgend führte er dessen Gasthaus in Stuttgart, das in den Quellen entweder als „Zum Schwarzen Raben“ oder „Zum/Beim schwarzen Rappen“ bezeichnet wird. Mit der Bürgermeistertochter Anna Maria Plebsten (1644-1682) aus [Bad] Boll schloss er 1665 eine gesellschaftlich betrachtet vorteilhafte Ehe, aus der fünf Kinder hervorgingen. Auch die spätere Verheiratung mit der Kaufmannstochter Anna Cordula Pfeiffer aus Memmingen im Jahr 1711, mit der er eine Tochter hatte, ist als eine gute Partie anzusehen. Nachdem Jakob Fischer am 12. Februar 1719 gestorben war, wurde er unter großen Feierlichkeiten in der Leonhardskirche beigesetzt.
Die bedeutendste Quelle zu Fischers Leben stellt seine Leichenpredigt aus dem Jahr 1719 dar, ein in der Frühen Neuzeit gängiges Medium der Erinnerungskultur primär des Adels und des gehobenen Bürgertums. Üblicherweise entstanden die darin enthaltenen biografischen Notizen auf der Basis eigener Aufzeichnungen der Verstorbenen, die dem Prediger zur Verfügung gestellt wurden. Es ist somit anzunehmen, dass das darin überlieferte Bild der Person wohlüberlegt verfasst wurde, um moralischen und sozialen Ansprüchen zu genügen sowie die Erinnerung an die eigene Person gezielt zu formen. Die in Leichenpredigten enthaltenen Informationen sind folglich kritisch zu lesen, wenngleich der Kern als verlässlich zu erachten ist.
Jakob Fischers Leichenpredigt liegt in gedruckter Form unter folgendem Titel vor: „Geistliche Salbe in Gilead vor Sterbende Christen Vorgestellet Auß den Worten Pauli I. Tim. I. V. 15.16. Wohl-Edle und Hochgeachtete Herz Herr Jacob Fischer hoch-verdienter viel-jähriger älterer Bürger-meister Allhier in Stuttgardt Den 8. Febr. Anno 1719. In seinem Erlöser JESU Christo sanfft und seelig eingeschlaffen, Darauf auch Den 12. Eijusdem bey Volck-reichem Leichen-Conduct mit Christlichen Ceremonien auf dem innern Kirch-Hof bey St. Leonhard zur Erden bestattet worden“. Sie berichtet, dass seine Mutter ihm nach dem frühen Tod des Vaters eine gute „Education“, d. h. Bildung, habe zukommen lassen. Fischer sollte so eine Laufbahn als Gelehrter und Gesandter eröffnet werden. Bis 1660 besuchte er die Lateinische Schule in Stuttgart und nahm anschließend in Tübingen ein Studium in „Humanoribus“ – hierunter sind der Erwerb grundlegender Kenntnisse in geistes- und gesellschaftswissenschaftlichen Disziplinen zu fassen – und Französisch auf. Nach dem plötzlichen Tod der Mutter musste er jedoch mit 18 Jahren das Studium abbrechen und das elterliche Gasthaus übernehmen.
Bereits im Alter von 28 Jahren begann Jakob Fischers langjährige Tätigkeit für den Stuttgarter Stadtmagistrat: 1673 wurde er in den Rat gewählt und für das Fünffer-Amt, ein Waisengericht, bestimmt; 1680 erfolgte seine Wahl ins Gericht. 1683 schließlich wurde er einstimmig zum Bürgermeister gewählt. Dieses Amt übten, jeweils für den Zeitraum von einem Jahr, zwei Personen gemeinsam aus. Sie standen Gericht und Rat vor – wobei zu berücksichtigen ist, dass diesem ebenfalls ein vom Herzog bestimmter, mit weitreichenden Befugnissen ausgestatteter Vogt beigestellt war – und waren vor allem für die Rechnungslegung der Stadt verantwortlich. Jakob Fischer verfolgte sein Amt den Quellen zufolge mit unerschöpflichem Einsatz und hatte es insgesamt mehrmals inne – was mit hoher Wahrscheinlichkeit keine leichte Aufgabe war, da Stuttgart Ende des 17. Jahrhunderts wiederholt durch französische Truppen besetzt wurde. Daneben machte er sich durch Gemeinnützigkeit und Wohltätigkeit verdient. Bei seinem Tod hinterließ er der Stadt eine Stiftung; sie sah vor, an seinem Namenstag, dem Gedenktag des Hl. Jakobus des Älteren am 25. Juli, Brot und Fleisch an 100 hausarme Stuttgarter Bürger verteilen zu lassen, worunter vermutlich arbeitende oder arbeitswillige Arme mit eigenem Haushalt zu fassen sind.
Fischers Wohltätigkeit ist Programm des aufwändigen Kupferstichs, der seiner Leichenpredigt vorangestellt ist. Sowohl die Inschrift als auch das Bildprogramm formulieren das große soziale Engagement des Bürgermeisters: „Ich diene Jedermann“ – „Erquicke was Ich kann“ – „Sowol bei Tag als nacht“ – „Biß daß es heisst: volbracht“, ist in den vier kleinen Bildmedaillons zu lesen, die das Porträt am oberen und unteren Rand säumen. Das Motiv des Wassers in allen vier Darstellungen kann zum einen als Verbildlichung des Spruchs begriffen werden. Zum anderen suggeriert es einen Bezug zu Jakob Fischers Namen – in doppeltem Sinne, da auch sein Namenspatron, Jakobus der Ältere, ursprünglich Fischer war und so mit dem Element Wasser in Verbindung stand. In sprechender Form setzt in jedem Fall die Gestaltung des redenden Wappens mit Fisch und einem Fischer, das im unteren Bereich des Stichs gezeigt ist, den Namen des Bürgermeisters um.
Im Vergleich zu zeitgleich entstandenen Porträtstichen, die in Leichenpredigten aus dem Stuttgarter Kontext überliefert sind, ist die Grafik in ihrem Aufwand und Detailreichtum als außergewöhnlich zu bezeichnen und an Bildformen angelehnt, die aus den Kreisen des Adels und hochrangiger Hofbeamter bezeugt sind. Ferner fällt die Leichenpredigt sehr umfangreich aus; ein nur annähernd vergleichbares Exemplar ist von keinem weiteren Bürgermeister der Stadt belegt. Dies legt den Schluss nahe, dass entweder Fischer selbst oder einer seiner Nachkommen seinem Gedächtnis ein denkwürdiges Zeichen setzen wollten.
Spätere Generationen erinnerten sich an Jakob Fischer insbesondere aufgrund seines mutigen Handelns während des Französisch-Pfälzischen Erbfolgekriegs (1688-1697). Gemäß der zeitgenössischen Überlieferung in der von Johann Jakob Gabelkhofer begonnenen Chronik der Stadt Stuttgart konnte er gemeinsam mit seinem Amtskollegen Johann Jakob Guthler, dem Prälaten Johann Osiander von Hirsau und der württembergischen Regentin Herzogin Magdalena Sibylla Ende Dezember 1688 durch geschicktes Verhandeln verhindern, dass die Stadt in einem Akt der Strafe von französischen Truppen niedergebrannt wurde, weil sie Widerstand gegen den Einmarsch geleistet hatte. Darüber hinaus wurden die beiden Bürgermeister beim hastigen Abzug der französischen Besatzer Anfang Januar 1689 als Geiseln mitgeführt. Jakob Fischer konnte sich jedoch bereits während des ersten Nachtlagers in Rutesheim befreien und nach Stuttgart zurückkehren, Guthler verblieb ein Vierteljahr in französischer Gefangenschaft.
Das Amt eines Stuttgarter Bürgermeisters innezuhaben, setzte in der Frühen Neuzeit voraus, dass sein Träger zum einen über entsprechend zeitlichen Spielraum und zum anderen über ausreichend finanzielle Mittel verfügte. Es war ein arbeitsintensives, aber nur sehr gering vergütetes Amt, von dessen Besoldung kein Lebensunterhalt finanziert werden konnte. Jakob Fischer war diesbezüglich gut aufgestellt – neben den Einnahmen aus dem Gasthaus, das früh zwei seiner Söhne führten, besaß er ein Gut in Birkach. Dieses verkaufte er 1679 an Herzog Friedrich Karl von Württemberg-Winnental.