Paul Pfizer wurde am 12. September 1801 in Stuttgart in eine Familie der württembergischen Ehrbarkeit geboren. Nach dem Besuch des Oberen Gymnasiums in Stuttgart studierte er 1819 bis 1822 in Tübingen Jura. Bereits zu diesem Zeitpunkt galt Pfizer als vielseitig begabt und interessiert. Dementsprechend besuchte er auch Lehrveranstaltungen aus dem Bereich der philosophischen und der naturwissenschaftlichen Fakultäten. Trotz oder gerade wegen seiner vielgestaltigen Fähigkeiten galt Pfizer schon in jungen Jahren als sensibel und nervös. Nach Abschluss des Studiums war er zunächst von 1823 bis 1826 Sekretär im württembergischen Justizministerium, anschließend wechselte er als Oberjustizassessor an den Tübinger Gerichtshof.

Bereits seit der Schulzeit war Pfizer mit dem Stuttgarter Dichter und Arzt Friedrich Notter (1801-1884) befreundet. Zwischen beiden wurde ein Briefwechsel gepflegt, den Pfizer in bearbeiteter Form und ohne Kenntnis Notters 1831 bei Cotta in Stuttgart als „Briefwechsel zweier Deutscher“ veröffentlichte. Darin sprach sich Pfizer für eine kleindeutsche Lösung der nationalen Frage aus. Ein konstitutionelles Preußen solle, so Pfizer, „moralische Eroberungen“ in Deutschland machen und eine Vereinigung des Landes schrittweise vorantreiben. Dies implizierte ein Ausscheiden Österreichs aus Deutschland und eine Minderung der Souveränität der übrigen deutschen Bundesfürsten. Für eine Regierung im Geist des konstitutionellen Systems entwickelte Pfizer in seiner Publikation eine genaue Staatsorganisation: Die einzelnen Landtage sollten seiner Überzeugung nach entsprechend ihrer Einwohnerzahl Delegierte für einen Deutschen Bundestag in Berlin wählen. Dieser sollte über das Recht der Gesetzesinitiative verfügen. Ihm sollte als deutsche Regierung der preußische König bzw. dessen Kabinett gegenübertreten. Auch sollte die preußische Regierung die Beschlüsse des Bundestages umsetzen und die übrigen deutschen Fürsten vertreten.

Das Eintreten Pfizers für eine kleindeutsche Einigung bedeutete zugleich eine Absage an die vom württembergischen König Wilhelm I. (1781-1864) verfolgte Trias-Politik, die die süddeutschen Staaten zu einer dritten politischen Kraft neben Österreich und Preußen aufbauen wollte. Der König war über Pfizers Werk empört. Von seinem Dienstvorgesetzten wurde Pfizer 1831 zur Rede gestellt und schied anschließend aus dem Staatsdienst aus. Als Pfizer 1833 erstmals als Abgeordneter vereidigt werden sollte, weigerte sich König Wilhelm I. diese Vereidigung vorzunehmen. Zuerst bat er Pfizer der Landtagseröffnung fernzubleiben, da Pfizer an dieser jedoch teilnahm, war Wilhelm I. nunmehr selbst unpässlich.

Nach der Julirevolution von 1830 in Frankreich war es auch in Württemberg kurzfristig zu einer Liberalisierung des politischen Systems gekommen. Aus den Landtagswahlen 1831 war die liberale Opposition um Albert Schott (1782-1861), Friedrich Römer (1794-1864) und Pfizer erfolgreich hervorgegangen. Doch spielte die königliche Regierung auf Zeit und berief das Stuttgarter Parlament zunächst nicht ein. Hiergegen protestierten liberale Abgeordnete, darunter Pfizer, am 30. April 1832 vergeblich in Bad Boll. Der Landtag durfte erst im Januar 1833 zusammentreten und bis dahin war es zum Erstarken der Reaktion gekommen. Im Gefolge des Hambacher Festes hatte der Deutsche Bundestag 1832 die sogenannten Juni-Ordonanzen erlassen. Diese beinhalteten nicht nur eine Verschärfung der Karlsruher Beschlüsse von 1819, sondern versuchten zugleich die Handlungsspielräume der einzelstaatlichen Parlamente zu beschneiden. So wurde u. a. eine Überwachungskommission eingerichtet, die das Agieren der Landtage beobachten sollte, denen zudem untersagt wurde, den Deutschen Bund anzugreifen oder die Bundesakte zu interpretieren. Auch die Bewilligung eines Etats durften die einzelnen Parlamente nicht an Bedingungen knüpfen.

Auf dem Landtag 1833 bestritt Pfizer in einem Antrag die Gültigkeit der Juni-Ordonanzen für das Königreich Württemberg. Diese müssten vielmehr dem Landtag zur Billigung vorgelegt werden. Als Reaktion auf die Eingabe Pfizers brachte der Geheime Rat, die oberste Beratungs- und Entscheidungsbehörde des Königreichs, seine Erwartung zum Ausdruck, dass dieser Antrag seitens des Landtags abgelehnt werde. Genau diese Position machte sich die Kammer nicht zu eigen, worauf es zur Auflösung des „vergeblichen Landtages“ von 1833 kam. Pfizer wurde bei den Neuwahlen wiederum für Tübingen in den Stuttgarter Landtag gewählt. Hier wurde er dank seiner rhetorischen Begabung während fünf Jahren zu einem der prägenden Köpfe der Opposition, freilich ohne angesichts erstarkender restaurativer Tendenzen namhafte Erfolge für sich verbuchen zu können. Seinen Antrag gegen die Gültigkeit der Frankfurter Juni-Ordonanzen hat er 1833, 1835 und 1838 vergeblich wiederholt. Für sein standhaftes Eintreten für bürgerliche Freiheitsrechte erhielt er von den Wählern in Tübingen und Stuttgart jeweils ein Ehrengeschenk in Form eines Silberpokals.

Während der 1830er und 40er Jahre lebte Pfizer als Publizist in Stuttgart, daneben war er als Rechtsanwalt tätig und unterstützte als rechtskundiger Gehilfe den Stuttgarter Stadtschultheißen. Zudem gehörte er von 1847 bis 1848 dem Gemeinderat an. 1847 wurde er mit der Stuttgarter Ehrenbürgerschaft ausgezeichnet. Während dieser Jahre entstanden umfassende staatstheoretische Werke Pfizers, beispielsweise verfasste er den Grundsatzartikel „Liberalismus“ für das von Karl von Rotteck (1775-1840) und Karl Theodor Welcker (1790-1869) herausgegebene Staatslexikon. In seiner Schrift „Über die Entwicklung des öffentlichen Rechts in Deutschland durch die Verfassung des Bundes“ entwarf Pfizer ein umfassendes Geschichts- und Gesellschaftsbild, das sehr unterschiedliche Elemente der Romantik, des Idealismus, des Liberalismus und des Pietismus miteinander verband.

Pfizer ging davon aus, dass das deutsche Volk eine Entwicklung von einer „mythischen Vorzeit“ hin zu einem durch die Vernunft geprägten Staat in der Zukunft durchlaufen werde, wobei er drei Phasen der deutschen Geschichte auszumachen meinte: Die „mythische Vorzeit“ der deutschen Geschichte war für Pfizer demokratisch geprägt. So habe es in ihr eine Versammlung aller wehrhaften Männer gegeben, die über sämtliche exekutiven, legislativen und judikativen Rechte verfügte. In Kriegszeiten habe diese Versammlung Herzöge, in Friedenszeiten für das Gericht Grafen gewählt. Darüber hinaus sei das ganze Volk bis in die Zeit Karls des Großen (747/748-814) „eine einzige freie Familie“ gewesen. Jedoch habe der Adel allmählich begonnen, Rechte für sich in Beschlag zu nehmen und sich vom Volk zu lösen. Damit habe eine zweite Periode der deutschen Geschichte begonnen, die „monarchische Periode“. In dieser seien nicht nur Freiheitsrechte verloren gegangen, sondern auch die Einheit des Reiches zerfallen in eine Vielzahl kleinerer Fürstenherrschaften. Doch mit der Reformation habe die Gegenbewegung zur „monarchischen Periode“ eingesetzt, da sie die „Freiheit des Gedankens“ und die „prüfende Vernunft“ in den Mittelpunkt des Denkens gestellt habe. Auch seien, beginnend mit der Reformation, bestehende Autoritäten kritisch hinterfragt worden. Die „monarchische Periode“ der deutschen Geschichte sah Pfizer nun mit dem Sturz Napoleons (1769-1821) als beendet an. Nun breche die dritte Periode der deutschen Geschichte an, in der die verlorene Freiheit und Einheit durch das Volk wiederbelebt werde. Das Ideal Pfizers für die Zukunft war eine Republik. Diese könne, so seine Überzeugung, nicht ohne Blutvergießen erreicht werden, weshalb die angemessene Staatsform der Gegenwart für ihn die konstitutionelle Monarchie mit einer starken Nationalrepräsentation darstellte. Diese Form der Repräsentation trat für ihn an die Stelle der Versammlung der wehrhaften Männer in der Urzeit. Und für sie forderte er folglich weitgehende Rechte, wie das Initiativrecht, ein umfassendes Budgetrecht und das Selbstversammlungsrecht. Daneben sollten weitere uralte „Hauptstücke“ der Freiheit wiederhergestellt werden. Hierzu zählte Pfizer die „Freiheit der Person und des Eigentums“, was gleichbedeutend war mit der Aufhebung der Feudallasten, d. h. der Abgaben und Leistungen, die die bäuerliche Bevölkerung noch immer dem vormals reichsfreien Adel zu erbringen hatte. Als Garantie der Freiheit sah Pfizer eine „volkstümliche und öffentliche Rechtspflege“, konkret die Einführung von Schwurgerichten. Zudem forderte Pfizer „Waffenrecht samt kriegerischer Ehre“, woraus der Wunsch nach Volksbewaffnung resultierte, und zuletzt trat Pfizer für das „Recht der Einung“ ein, das für ihn neben der Koalition- und Versammlungsfreiheit auch die Pressefreiheit umfasste.

Als Vertreter eines solchen Programms trat er auf Wunsch Gustav Duvernoys (1802-1890) als Kultusminister 1848 in das württembergische Märzministerium ein. In seiner neuen Position setzte Pfizer durch, dass zudem Römer als Justizminister der Regierung angehörte. Auch formulierte er das Regierungsprogramm des württembergischen Märzministeriums, in dem umgehend die Vereidigung des Heeres auf die Verfassung sowie weitere Gesetze zur Volksbewaffnung und zur Versammlungsfreiheit angekündigt wurden. Ferner wollte das neue Ministerium recht bald die Kammer auflösen, um bei Neuwahlen ein Vertrauensvotum für eine weitere Reformgesetzgebung im Sinne der Märzforderungen zu erhalten.

Aufgrund seiner angeschlagenen Gesundheit konnte Pfizer weder als Minister noch als Abgeordneter Stuttgarts in der Nationalversammlung Wirkung entfalten. Bereits im August trat er von allen Ämtern zurück. Publizistisch hat er sich weiterhin für eine kleindeutsche Nationaleinigung eingesetzt. Gleichzeitig war er zwischen 1851 und 1858 als Justizrat beim Gerichtshof in Tübingen tätig. In den ausgehenden 1850er und in den 1860er Jahren ging es mit der Gesundheit Pfizers, dessen Nerven bereits lange leidend waren, bergab. Er starb in geistiger Verwirrung am 30. Juli 1867.